Principalele grupuri politice din cadrul Parlamentului European l-au acuzat pe Juncker de faptul că a tolerat ca Luxemburg să devină "un paradis al evitării taxelor", în perioada mandatului său de premier al acestei ţări. Juncker a fost criticat, de asemenea, pentru că a aplicat, în ultimii ani, un sistem fiscal care a făcut ca sute de mari companii să evite achitarea de taxe în valoare de zeci de miliarde de euro.
În faţa acuzaţiilor, Juncker a arătat că nu el este "arhitectul" acestui sistem, promiţând că va lupta împotriva acţiunilor de evaziune fiscală şi de evitare a taxelor, în mandatul său de preşedinte al Comisiei Europene.